Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija (VARAM) tika izveidota 1993. gada vasarā, kad pēc 5. Saeimas vēlēšanām tika iedibināta jauna valsts pārvaldes struktūra. Vides aizsardzību tā pārņēma no Vides aizsardzības komitejas. Reģionālās plānošanas un attīstības jautājumi līdz ministrijas izveidei tikpat kā nebija risināti. Pilnveidojot valsts pārvaldes struktūru, ministrijai tās pastāvēšanas laikā tika nodota virkne institūciju ar tām raksturīgām funkcijām.
Jau ministriju veidojot, tai tika nodotas likvidētās Arhitektūras un celtniecības ministrijas funkcijas būvniecībā, dzīvokļu un komunālajā saimniecībā. No minētās ministrijas pārņēma ģeoloģiju un tūrismu. No kādreizējās Valsts reformu ministrijas līdz ar Pašvaldību lietu pārvaldi tika pārņemti pašvaldību jautājumi.
1996.gadā no Satiksmes ministrijas, atbilstoši darbības specifikai, ministrijas pārvaldībā pārnāca Valsts hidrometeoroloģijas pārvalde.
1999.gadā ministrijas pārziņā tika nodots Latvijas Dabas muzejs. No 2000.gada 1.jūlija Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrijas pārziņā ir Gaujas Nacionālais parks.
Lai īstenotu Latvijas iekļaušanos Eiropas vides aģentūru tīklā un uzsāktu līdzīgu funkciju veicošu iestāžu konsolidēšanu, ar 2000. gada 1. oktobri tika izveidota Latvijas vides aģentūra, apvienojot Latvijas Vides datu centru un Vides konsultāciju un monitoringa centru.
2001.gada jūlijā tika izveidots Radiācijas drošības centrs, kurā apvienotas ar radiācijas drošību un kodoldrošību saistītās funkcijas.
Ar 2003.gada februāri darbojas Vides konsultatīvā padome - konsultatīva un koordinējoša institūcija, kuras lēmumiem ir ieteikuma raksturs vides aizsardzības un ilgtspējīgas attīstības jomā. Vides konsultatīvās padomes pārstāvjus deleģē vides sabiedriskās organizācijas, profesionālās asociācijas, pašvaldības, kā arī izglītības un zinātnes institūcijas.
Ar 2003.gada 1.martu Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrijas funkcijas būvniecības un tūrisma jomā tika nodotas Ekonomikas ministrijai, bet funkcijas teritorijas plānošanas un mājokļu jomā – Reģionālās attīstības un pašvaldību lietu ministrijai. Izveidotā Vides ministrija (VIDM) saglabāja funkcijas vides un dabas aizsardzībā, arī vides investīciju jomā.
Ar 2005. gada 1. janvāri tika reorganizētas un darbu uzsāka vairākas jaunas Vides ministrijas padotās institūcijas – apvienojot Latvijas Hidrometeoroloģijas aģentūru, Latvijas Vides aģentūru un Valsts Ģeoloģijas dienestu izveidota Latvijas Vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas aģentūra (LVĢMA), apvienojot Vides valsts inspekciju, Jūras vides pārvaldi un 8 reģionālās vides pārvaldes izveidots Valsts vides dienests (VVD). Bīstamo atkritumu pārvaldības valsts aģentūra (BAPA) izveidota, agrākajai Vides ministrijas padotībā esošajai Radioaktīvo atkritumu pārvaldības valsts aģentūrai, nosakot jaunas funkcijas, kas saistītas ar bīstamo atkritumu apsaimniekošanas valsts infrastruktūras objektu uzturēšanu. Savukārt Ietekmes uz vidi novērtējuma valsts biroja nosaukums tika mainīts uz Vides pārraudzības valsts birojs (VPVB).
2006. gadā Vides ministrijas padotībā tika pārņemta valsts aģentūra „Nacionālais botāniskais dārzs”.
2007. gada 22. februārī kā jauna padotā institūcija tika izveidota Rāznas nacionālā parka administrācija. No 2007. gada 1. jūlija VIDM padotībā no Izglītības un zinātnes ministrijas pakļautības tika pārņemts Latvijas Hidroekoloģijas institūts.
2009.gada laikā Vides ministrijas resorā veiktas būtiskas institucionālas pārmaiņas. Ar 1. jūniju darbu uzsāka Dabas aizsardzības pārvalde, kurā tika apvienotas līdzšinējās Vides ministrijas padotības iestādes - Dabas aizsardzības pārvalde, Rāznas Nacionālā parka administrācija, Ķemeru Nacionālā parka administrācija, Gaujas Nacionālā parka administrācija, Slīteres Nacionālā parka administrācija, Ziemeļvidzemes biosfēras rezervāta administrācija un Teiču dabas rezervāta administrācija. Tika izveidota un no 01.08.2009. uzsāka darbību jauna kapitālsabiedrība valsts SIA „Latvijas vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas centrs”, reorganizējot un apvienojot Latvijas vides, ģeoloģijas un meteoroloģijas aģentūru un Bīstamo atkritumu pārvaldības valsts aģentūru. Veikta Valsts vides dienesta reorganizācija, pievienojot tam Radiācijas drošības centru.
Ar 2011. gada 1. janvāri, apvienojot Vides ministriju ar Reģionālās attīstības un pašvaldību lietu ministriju, ministrija atguva savu senāko nosaukumu un atkal ir Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrija. Līdz ar RAPLM pievienošanu, Valsts reģionālās attīstības aģentūra kļuvusi par VARAM padotības iestādi.
Vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrijas sastāvā šobrīd ir piecpadsmit departamenti un viena patstāvīgā nodaļa. Ministriju vada vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrs. Augstākais valsts civildienesta ierēdnis ministrijā ir valsts sekretārs.